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Durante su gobierno se produjeron graves violaciones a los derechos humanos, especialmente casos de desaparecidos, hechos que provocaron la condena de la Corte Interamericana de Derechos Humanos al Estado Ecuatoriano, imponiéndole la obligación de reparar a la víctimas y de investigar y sancionar a quines cometieron dichos actos. También persiguió tenazmente a sus opositores políticos y atentó contra la independencia de las otras funciones del Estado. Mandó intimidar a legisladores de la oposición y rodeó con tanques de guerrala Corte Suprema de Justicia, para así evitar la toma de posesión de su nuevo presidente.

Entre los casos de atropello a los derechos humanos durante su presidencia, uno de los más conocidos es el caso de la desaparición de los hermanos Carlos y Pedro Restrepo Arismendi, o también el de la tortura, violación y ejecución extrajudicial de la profesora Consuelo Benavides, detenida por miembros de la Fuerza Naval de Ecuador. Durante tres años, hasta diciembre de 1988, las familias no conocieron cuál era el paradero de los desparecidos, a pesar de solicitar información repetidamente a las autoridades ecuatorianas. Los sobrevivientes de las torturas declararon que Febres Cordero y Jaime Nebot presenciaron como se realizaban las torturas. En el mismo periodo, la Comisión Ecuménica de Derechos Humanos de Ecuador, Amnistía Internacional y el Grupo de Trabajo de las Naciones Unidas sobre Desapariciones Forzadas e Involuntarias realizaron peticiones similares a las autoridades. El gobierno ecuatoriano de entonces no facilitó en ninguno de los casos información suficiente a estas entidades sobre sus paraderos.